尽管公积金制度一直在为自己的存在寻找一个接一个的理由，但我们不得不说，这一制度的“正当性”已然丧失。
作为互助型的一种住房保障制度，公积金存在的一个正当性就是让缴存者个人得益。但是，20年来，这一制度的真正受益者又是谁呢？很多论者已经提及，住房公积金是“劫贫济富”。理由是，只有买得起房的人才能够真正享受到公积金制度的最主要的好处—低息贷款，但在现如今房价飞涨的背景下，大量的中低收入人群根本买不起房，他们所缴纳的公积金，无疑是在“补贴”买得起房的高收入人群。
除了高收入人群，公积金的真正受益者恐怕是政府和银行。住房公积金的缴存者只能按年利率1.21%计息，而住房公积金中心将公积金存在银行的年利率是2.33%。这个利差收益，以及公积金中心购买国债的利息收益、发放公积金贷款的利差收益，按照《住房公积金管理条例》第29条的规定，“住房公积金的增值收益……用于建立住房公积金贷款风险准备金、住房公积金管理中心的管理费用和建设城市廉租住房的补充资金。”这些收益并没有用于“本金”的投入者、强制储蓄的存款人身上，而是用于填补政府财政支出的“不足”。从银行方面看，住房公积金中心的托存银行是工商银行、中国银行、农业银行、建设银行和交通银行五家。据法学教授王涌估算，公积金存在银行的年利率是2.33%，而银行利用公积金存款对外发放商业贷款，贷款利率一般高于7%，银行在公积金项目上的营利约为5%。此外，每年商业银行还向公积金中心收取手续费，包括归集手续费和贷款手续费，总额在50亿元以上。
正当性已失，改革却举步维艰。2002年修订的《条例》至今未变，完全与市场化的改革大潮脱节。住建部数次提出修订《条例》，但都无疾而终，包括今年。任何一座城市中都遍地可见的“公积金套现”小广告，证明了这一制度延续至今的荒谬。但我们不得不承认，围绕着这一制度的巨大利益，将严重阻碍有关废止它的讨论，相关的政策建议也会被认为是“激进”。不过，从长远来看，市场化的改革要求把财产的自由支配权还给个人，公积金制度可以转变为真正互助性质的合作基金，但必须让公众自由参与、自由支配。
短期内，现实的办法恐怕还是对这一制度进行一些修修补补。但最基本的，必须回归公积金的本原，让缴存者个人真正获益，而不是制造种种障碍，防范个人提取公积金。这一方面需要扩大住房公积金的使用范围，甚至超越住房的用途，并最大限度地简化提取手续；另一方面，要打破地方保护主义，让个人的公积金账户不因为人才的流动而陷入沉睡。