中央财政不断加大投入力度,支持基层医疗卫生机构实施国家基本药物制度，推进综合改革。
实施国家基本药物制度是深化医药卫生体制改革的重点工作之一，是党中央、国务院为维护人民群众健康、保障公众基本用药权益而出台的一项重要政策。从2009年起，在政府举办的基层医疗卫生机构开始逐步实施国家基本药物制度，取消药品加成，实行药品零差率销售。自2012年起，这项政策在全国范围全面推开。
为妥善解决基本药物零差率销售后基层医疗卫生机构的收入补偿问题，中央出台一系列措施，不断完善基层医疗卫生机构的补偿机制。在政策层面，明确了实施基本药物制度后，政府举办的基层医疗卫生机构的运行成本通过基本医疗服务收费和政府补助补偿。其中，其提供的基本医疗服务主要通过医疗保障付费和个人付费补偿;按规定提供的基本公共卫生服务通过城乡基本公共卫生服务经费保障机制，由财政足额补偿;如果出现经常性收支差额(即支出大于收入)，则按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法，由财政予以补助。
为了支持基层医疗卫生机构实施基本药物制度，推进综合改革，中央财政不断加大投入力度。
一是支持“硬件”和“软件”建设。2009—2013年，中央财政累计安排补助资金450多亿元，支持基层医疗卫生机构加强基本建设、设备购置以及信息化建设等。每年安排10亿元左右的专项补助资金，主要支持面向基层医疗卫生机构的“乡镇卫生院招聘执业医师”“万名医师支援农村”“农村订单定向免费培养医学生”“全科医生转岗培训”等项目，帮助基层加强医疗卫生人才队伍建设，加快提高基层服务能力和服务水平。
二是支持提供基本公共卫生服务。基层医疗卫生机构提供基本公共卫生服务所需资金由政府全额安排。2009年人均经费标准15元，2011年提高到25元，2013年又提高到30元。中央财政对西部地区补助80%，中部地区补助60%，东部地区按10%—50%的不同比例补助，2009—2013年累计安排补助资金800多亿元。基本公共卫生服务经费已成为基层医疗卫生机构重要的收入来源。
三是支持实施基本药物制度。2009—2011年，中央财政共安排120亿元专项资金，对实施基本药物制度、推进综合改革进展快且效果好的地区给予奖补。从2012年起，中央财政建立了对地方实施基本药物制度的经常性补助机制，支持各地巩固完善基本药物制度和基层医疗卫生机构运行新机制，补助资金规模为每年91亿元(含对村卫生室的补助21亿元)。
四是支持实施绩效工资。基层医疗卫生机构从2009年10月1日起启动实施绩效工资政策。中央财政每年安排专项资金16亿元，支持地方实施绩效工资。
五是支持债务化解工作。2011年，中央财政安排一次性专项补助资金25亿元，对政府举办的基层医疗卫生机构长期债务化解工作予以支持。
各级财政还不断加大对新型农村合作医疗、城镇居民基本医疗保险(放心保)、城乡医疗救助等基本医疗保障制度的补助力度，激励基层医疗卫生机构通过提供合理有效的基本医疗服务获得稳定的服务收入。
在实施这些政策措施后，政府在基层医疗卫生机构实行基本药品零销售，群众的医疗负担明显减轻，基本医疗卫生机构有稳定可靠的收入来源、经营机制和医务人员合理的收入得到保障，加强了医疗人员的硬件建设和能力建设。全面改革基本医疗卫生机构的体制和机制不断深化，初步建立了维护公共福利、调动工作积极性、保障可持续发展的新机制，以及公共医疗的公平性、可及性和便利性。