从2011年开始，内蒙古自治区在全区范围内提高统筹层次，实施以盟市为单位统筹。同时，为了方便参合群众及时报销医药费用，内蒙古自治区大力推进新农合信息化建设，搭建了自治区、盟市、旗县、乡镇、嘎查村5级连通的新农合信息平台，通过信息平台实现了盟市内异地就医即时结报。自治区还开通了呼和浩特市周边6盟市在自治区级新农合定点医疗机构看病就医的即时结报，为农牧民患者提供了极大的方便。
2012年，原卫生部将内蒙古自治区列为第二批与国家级新农合信息平台联通的试点省份。按照试点工作要求，自治区积极配合国家平台的建设工作，按要求开发接口、整合数据，目前已经基本实现了与国家级新农合平台的互联互通。自治区各盟市新农合管理部门可以通过国家级平台对患者在国家确定的26家定点医疗机构就医的信息进行查询，加强了对新农合基金的监管。
据自治区卫生厅相关负责人介绍，目前自治区和国家级新农合信息平台的对接，只是为跨省即时结报打下了基础，在此基础上还有大量工作要做。内蒙古自治区将按照国家有关部门的安排部署，积极推动这项工作，力争早日实现跨省即时结报。
内蒙古自治区出台并实施的《内蒙古自治区“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》，简称《方案》，很明确的指出，该自治区会尽快实施跨省异地的医疗报销措施。并规划在一年内完成整个区域范围内的医疗报销制度。这样，内蒙古自治区真正实现异地跨省的医疗报销之路也不远了。