截至目前，已经有天津、青海、山东、重庆、广东、宁夏、浙江等七个省份或社保统筹地区完成了城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗制度的整合，并建立起统一的、城乡一体的居民基本医疗保险制度。
制度并轨后，不属于城镇职工基本医疗保险参保范围的城乡居民，包括农村居民、城镇非从业居民等，均可参加居民基本医疗保险，省份内实行统一的城乡居民医保政策，实现统一的管理部门、筹资标准和信息系统。新农合基金和城镇居民医保基金统一为城乡居民医保基金，从执行上看，绝大部分是由人力资源和社会保障部门负责管理和经办，基金专户储存，专账管理。 不过，从全国范围来看，医保制度并轨任务进展仍然缓慢，何时完成改革至今尚无结论。
“当前三项基本医疗保障制度间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，存在着重复建设、信息不兼容的问题，管理层面也存在协调上的困难。”中央财经大学社会保障系主任褚福灵说。机构、制度之间的隔阂，使不同的医保之间难以建立信息共享机制，重复参保现象增加，导致财政负担和管理成本增大。
此外，参保人在不同的医保制度之间进行转移接续也存在障碍，“随着我国城乡一体化的快速发展，整合三项基本医疗保险制度的管理势在必行”。