目前三大医保制度中，城镇职工医保制度、城镇居民医保制度由人力资源和社会保障部统管;新型农村合作医疗由卫生部(现为国家卫生与计划生育委员会)统管。
问题是归谁管?人社部与卫计委“拔河”
4月11日，国家卫计委新型农村合作医疗研究中心和新型农村合作医疗技术指导组在北京召开了医疗保障管理体制有关课题研讨会。
与会专家达成共识：医疗保障和医疗服务应统一到一个部门管理，这样做符合国际发展趋势，符合医保发展规律，更与当前权责一致的机构改革精神相契合。
虽然卫计委专家达成了共识，但据记者了解，最近关于三大医保制度整合归属部门的争议很大。卫生系统人士认为社保应与卫生结合，才能充分发挥医疗保险的优势;但也有其它部门的专家坚持认为三大医保制度应统一归到人社部管理。
国务院办公厅3月28日发布《关于实施国务院机构改革和职能转变方案任务分工的通知》，要求6月底前完成整合城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责等。
目前三大医保制度中，城镇职工医保制度、城镇居民医保制度由人力资源和社会保障部统管;新型农村合作医疗由卫生部(现为国家卫生与计划生育委员会)统管。
中央财经大学社会保障系主任褚福灵对《经济参考报》记者表示，目前的分割状况存在着重复建设、信息不兼容的问题，管理层面也存在协调上的困难。
“当前三项基本医疗保障制度间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，随着我国城乡一体化的快速发展，整合三项基本医疗保障制度的管理势在必行。”参加医疗保障管理体制有关课题研讨会的专家指出。
他们认为，医疗保障是否有效的评判标准并不在于基金是否平衡，而在于是否有利于参保者公平、方便地利用医疗服务。片面强调医疗保险基金平衡问题，单纯以经济手段对医疗机构进行总额控制，造成医院接收医保病人越多，反而可能要承担更多的医保结算损失，医院因此而推诿医保病人。“医保机构与医院间的相互博弈直接导致了参保人员就医困难，与深化医改、保障人民群众健康权益的目标相背离。”
“两个亿的时候，你不要;现在超过千亿规模了又想拿走，这对卫生系统确实不太公平。”一位卫生业内人士告诉记者，当年国务院将新农合放到人社部管理，但社会保障部不想接这块“烫手的山芋”，才转给卫生系统管理。
参加医疗保障管理体制有关课题研讨会的专家指出，新农合以相对较低的筹资水平实现了较高参合率、较高报销比和更广受益面，显现出卫生部门统筹管理医疗保障和医疗服务的优良绩效。
一位专家告诉记者，北京市医保付费改革走在全国行业前列，最大的因素在于当时北京社保局主管医疗保险的领导有在北京市卫生局的从业经验，因此组建了一个社保人员、卫生人员、医院院长共同参与的医保改革领导小组，才促成了北京医保付费制度的调整。“单靠社保一家出点子，医保付费难以推动下去。”这位专家指出。
对于卫生系统的说法，中央财经大学社会保障系主任褚福灵介绍，“全国不少地区已经整合了城乡居民医疗保险，执行上看，绝大部分是人社部门负责管理和经办，这一点也逐渐形成了共识。”据悉，这些整合地区进行的城乡医疗一体化，原由卫生部门管理的新农合行政管理与业务经办职能移交同级劳动保障部门的同时，承担新农合管理与经办工作的机构和人员、资产以及相关资料，随职能同步移交，新农合基金由审计部门组织审计后移交。为了保证移交工作机构和队伍的整体性和工作的连续性，各地维持现有政策体系不变。
中国社会科学院教授朱恒鹏指出，卫生部管理新农合，从业务、技术方面来讲很有优势，但是卫生部既为被保险人提供服务，又为他们支付费用，存在弊端。而由人社部做，成为真正的第三方付费。如果医保交由卫生管理，“一手托两家”，则其既当“会计”又当“出纳”的局面，也不利于监督。