卫生计生等部门将综合经济社会发展水平、基本医疗保障能力、医药服务成本变化、医疗技术发展等情况，合理确定县级医院门急诊和住院次均医药费用管理目标，并纳入公立医院目标管理责任制和绩效考核范围。结合医保基金收支预算管理，根据县级公立医院医疗功能定位，合理确定医保付费总额控制标准。在开展医保付费总额控制的同时，加快推进按病种、按人头付费等为主的付费方式改革。
医疗机构将积极探索有利于控制费用、公开透明、方便操作的医疗服务收费方式。加大临床路径管理和临床检查检验结果互认推行力度，规范临床诊疗行为，控制不合理医疗费用。县级公立医院实施临床路径管理病种数达到50个以上，并逐步扩大病种，细化内容，提高入组率和完成率。积极开展单病种收费改革试点工作，县级综合医院单病种数量要达到8个以上。开展中医优势病种收费方式改革试点工作。临床路径管理工作要与绩效考核制度挂钩。
在推进改革过程中，县级公立医院将完善鼓励提供和使用中医药服务的政策。提高中医药服务的医保报销比例。适当降低患者在中医医院就医报销起付线标准。中药饮片执行不超过25%的加成率政策。及时将符合条件的院内中药制剂品种列入城镇职工和城镇居民医保用药范围，并按乙类药品支付。积极引导医疗机构开展成本相对较低、疗效相对较好的中医药诊疗服务。同时利用信息化手段健全医保对用药、检查、治疗、收费等服务行为的监控。制定对基本医保目录外药品和诊疗费用和诊疗费用比率、药占比等考核指标，控制基本医疗保障范围外的医药服务，缩小政策补偿比与实际报销比的差距。
此外，卫生计生部门还将完善公立医院用药管理、处方审核制度，加强抗菌药物临床应用管理、促进合理用药，保障临床用药安全、经济、有效。采取有效措施，引导县级公立医院按照规定优先使用基本药物和低价药品，提高基本药物和低价药品使用率。鼓励探索多种形式的医药分开。支持患者自主选择在医院门诊药房或凭处方到零售药店购药。加强临床路径和诊疗规范管理，严格控制高值医用耗材不合理使用，加大对异常、高额医疗费用的预警和分析。落实药品（含耗材）集中采购办法，在保证质量的前提下，优先采购国产高值医用耗材。
目前国家经济形势、医保资金使用形势、参保人员就医行为变化等都要求通过控制医疗费用，更合理地利用资金。同时，也有人担心在严格的医疗费用控制下，县级医院在专科建设、项目扩大上会受到影响。另外，面对经济形势，医疗卫生系统要为国分忧，减少医疗开支，帮助患者用更少的钱看更多病。