在大病保障和疾病应急救助方面，推进城乡居民大病保险试点，继续开展儿童白血病等20种重大疾病保障试点工作，完善城乡医疗救助制度，加强各类保障制度间的衔接。落实今年初公布的《国务院办公厅关于建立疾病应急救助制度的指导意见》，制定疾病应急救助基金管理有关文件以及需紧急救治的急重危伤病的标准和急救规范。
医保的管理和服务方面也将继续改革：
深化医保支付制度改革，推动建立医保经办机构与医疗机构、药品供应商的谈判机制和购买服务的付费机制，建立健全考核评估和质量监督体系，防止简单分解额度指标的做法，防止分解医疗服务、推诿病人、降低服务质量;
统一规划，推进基本医疗保险标准化和信息系统建设。选择在部分省份试点，探索建立跨省异地就医即时结算机制;
继续鼓励以政府购买服务的方式，委托具有资质的商业保险机构经办医疗保障管理服务。目前全国已有多个地区开展商业保险机构经办基本医保的试点;
整合职工医保、城镇居民医保和新农合的管理职责，做好整合期间工作衔接，确保制度平稳运行。“三保”管理职责整合，究竟放哪个部门，此前已多番讨论。而前段时间公布的卫生计生委三定方案也没有给出答案，该部委三定方案提出，负责协调推进医药卫生体制改革和医疗保障。目前，新农合管理职责仍在卫生计生委。
国务院医改专家咨询委员会委员、中国科学院院士、北京协和医学院校长曾益新认为，这几年医保的投入逐年增加，地方政府财政中投放到医疗(包括保险和医院建设等方面)的资金所占财政支出的比重大大提高，有的地方政府甚至尝试利用政府财政来推行全民免费医疗。这是巨大的进步。
推动建立短缺药品常态化储备机制
今年初，国务院办公厅发布《关于巩固完善基本药物制度和基层运行新机制的意见》，工作安排明确，将于2013年年底前制定具体的实施办法。
2012年版国家基本药物目录，也将在年底前覆盖所有政府办基层医疗卫生机构。其中一些用量不确定、企业不常生产、供应短缺的药品将进行信息汇总，进一步推动建立常态化短缺药品储备机制，重点做好传染病治疗药品和急救类基本药物供应保障工作。
对于非政府办基层医疗卫生机构，政府通过购买服务等方式鼓励实施基本药物制度;全面实施诊疗费;启动乡镇卫生院周转宿舍建设试点。
对于大家较关注的基层医疗卫生机构医务人员收入，安排明确，适当提高奖励性绩效工资比例;村医的收入和待遇更加明确，“原则上将40%左右的基本公共卫生服务任务交由村卫生室承担。充分发挥新农合对村卫生室的补偿作用。”还要推动乡村医生养老待遇政策落实。
对于基层医疗人才缺乏，工作安排指出将继续开展全科医生转岗培训工作。继续支持全科医生规范化临床培养基地建设。实施全科医生特岗项目。稳步推进全科医生执业方式和服务模式改革试点。目前国家10个服务模式改革试点城市正在进行。
由基层医疗卫生机构提供的国家基本公共卫生服务项目继续实施，年人均补助标准提高到30元，比现有标准又提高了5元。城乡居民健康档案规范化电子建档率达到65%以上，高血压、糖尿病患者规范化管理人数分别达到7000万和2000万以上，老年人和儿童中医药健康管理目标人群覆盖率均达到30%以上。以上数据均比去年有所提高。
“全科医师是‘健康守门人’。这三年就投入了62亿元用于全科医师培训基地的建设。如果在激励机制上再下大功夫，能够吸引全科医生下基层，老百姓将拥有自己的家庭全科医师，这将从根本上改变过去的就医模式，真正把医疗卫生工作的重点从治疗转到预防上来。”曾益新说。
引导社会资本参与公立医院改制重组
今年将启动第二批县级公立医院综合改革试点工作。县级公立医院改革重点要在建立长效补偿机制、建立健全法人治理结构、推进医药价格改革、深化人事分配制度改革、控制医药费用以及提高人员经费支出占业务支出的比例、提高医务人员待遇等方面开展探索。
在相关配套改革方面，将有序扩大境外资本独资举办医疗机构的试点范围。公立医院资源丰富的城市可引导社会资本以多种方式参与包括国有企业所办医院在内的部分公立医院改制重组。
目前，港澳台在内地设置独资医院的审批权限，已由卫生计生委下放至省级卫生和计划生育部门。
药品价格形成机制继续完善。改革药品集中采购办法，确保药品质量，选取临床使用量较大的部分药品，参考主导企业成本，以及药品集中采购价格和零售药店销售价格等市场交易价格制定政府指导价格，并根据市场交易价格变化等因素适时调整。坚决查处药品购销中的暗扣行为。
在保障资金方面，将年度医改任务所需资金纳入财政预算，并按时足额拨付到位。确保实现“十二五”期间政府医改投入力度和强度高于2009—2011年医改投入的目标。
曾益新认为，这几年政府大量资金投入主要向相对低收入的农村人口、农民工和医疗资源紧缺的城乡基层倾斜，在很大程度上缓解了享受医疗资源不公平的现象。特别值得称道的是，人均公共卫生经费的大幅度提高使得人人都有均等的公卫资源，大病救助基金的设立，又从另外一个环节筑起了一道防止因病致贫和因病返贫的防线。这一系列的措施，大大提升了中国卫生资源分配的公平性。
曾益新认为，医改应该继续求解一些深层次问题。他建议，尽快建立卫生法，把健康事业的中长期规划、筹资、公共卫生、医疗服务和监管协调起来;其次，要有一个责权一致的行政体系;第三，制定卫生事业的中长期发展规划，并对实现这些目标的路径进行科学合理的规划。
医疗救助制度是解决贫困人口医疗问题的重要制度。新农合、城镇职工医疗保险和城镇居民医疗保险，构建了基本医疗保障制度；而大病保险是对基本医疗保障制度的一种补充；医疗救助制度则是在保险制度都补偿完之后，对于生活特别困难而又需要医疗救助的贫困人口再进行补助，托起社会安全网的网底。