上述整顿督查汇总分析报告显示，基层医疗机构准入及动态管理、院感管理等均有待加强，基层合理用药、医疗专业人才队伍总量不足问题突出，完善对基层医疗机构的监督和管理任重道远。
2000余机构被吊销执业许可
报告显示，2013年1月~9月，基层医疗机构数量共计880786家，通过整顿，现有机构858440个;其中合格805209家，占91.42%;注销执业许可证机构17218家，占1.95%。在所有检查的医疗机构中，共吊销医师执业证书258人，吊销医疗机构执业许可证2387家，移送公安案件304件，移送监察案件5825件，追究行政责任4996人。
整顿中，全国共查出执业行为不规范的基层医疗机构48569家，占总检查机构的6.65%。不规范执业行为包括聘用非卫生技术人员执业、超范围执业、无证执业、擅自开展母婴保健技术服务和出租承包科室等。
报告还显示，在标准化建设达标方面，基层医疗机构最为突出的问题是急救设备不全，占总检查机构的7.36%。其他问题依次为医疗用房布局不合理，医疗用房面积不足，未建立健全技术操作规范，基本设备不全等。
不规范诊疗问题突出
检查中还暴露出基层医疗机构一些诊疗规章和制度落实不到位的问题。
报告显示，部分机构存在缺少门诊就诊记录、处方质量差、诊疗不合理、急诊急救能力偏弱等现象。其中，处方书写不规范机构占总检查机构的12.89%，医疗废弃物管理不规范占11.25%，病历书写不规范占5.37%，消毒隔离制度未落实占4.64%。
报告指出，基层不合理用药问题突出。部分基层医疗机构存在用药与诊断不符、抗菌药物选择不适宜、药物用法用量不符合说明书规定、联合用药指征掌握不当、激素使用不当等现象，药物不良反应报告工作较薄弱。
报告强调，多数基层医疗机构没有开展医疗质量与安全事件网络直报工作。非公立医疗机构在依法执业、传染病报告、会诊管理、医疗广告等方面问题尤为突出。
院感防控普遍薄弱
近年来，个别地方发生了数起诊所、村卫生室违反相关诊疗规范造成的感染事件。国家卫生计生委医政医管局相关人员告诉记者，在集中整顿工作中发现，基层医疗机构普遍存在院感控制意识不强，院感控制法规、制度和标准执行落实不到位等问题。其中，未建立、执行院感相关规定的占调查机构的2.93%;传染病疫情报告制度未落实的占1.71%。大部分基层医疗机构医疗器械的清洗、消毒、灭菌亟待规范，特别是基层医疗机构的手术室、口腔科、消毒供应室、治疗室、换药室和清创室等重点部门。
检查还发现，基层医疗机构消毒供应工作操作人员接受培训少，多未取得特种设备上岗证。大部分基层医疗机构配备有压力蒸汽灭菌器，但普遍使用不正确;较多的基层医疗机构未开展灭菌效果的生物监测，有的机构虽已开展，但不能每周进行生物监测。一次性医疗用品、消毒剂、消毒器械等索取、审核相关许可证明不齐全。
报告建议，应进一步强化基层医疗机构院感管理意识，加强培训，加强对重点部门的管理，严格执行注射操作规程，规范医疗器械的清洗、消毒和灭菌，健全并严格执行一次性医疗用品、消毒剂、器械的索证制度;完善手卫生设施配备，如皂液、手消毒剂、干水纸、洗手池。
医技人员严重短缺
报告指出，基层医疗专业技术人才队伍建设不能满足基层群众看病就医需求。有资质的专业技术人员，特别是医技人员严重短缺，存在无证执业、跨类别、跨专业和超范围执业等问题。
检查发现，部分地方政府只重视硬件建设，村卫生室、乡镇卫生院设备设施完善，但人才队伍建设未能同步进行。部分基层医疗机构患者信任度低，就诊人员少，导致医疗资源利用效益低，造成医疗资源浪费。
报告建议，完善基层医疗机构引进、培养、使用、留住人才的政策和措施，解决基层人员总体数量不足、专业结构欠合理，以及检验、影像、药剂等专业人员短缺、护理队伍建设相对薄弱等问题;逐步提高基层医务人员的基本待遇。
监管尚未形成合力
报告指出，我国基层医疗机构监管体系有待进一步加强。部分地区监管主体不明确，监管人员不足，监管制度亟待完善。按照职能划分，县级以上综合医疗机构的管理职能在医政处，乡镇卫生院和村卫生室的综合管理职能在农村卫生处，社区卫生服务机构管理的职能在社区卫生处等，各部门尚未形成监管合力。基层医疗机构点多、面广、分散，监管工作难度很大，而卫生行政部门监管人员有限、手段滞后、经费来源无保障，对基层医疗机构的监管力度较薄弱。报告建议，应加强监管体系建设，成立多部门参与的监管分工协作机制，整合监管力量，逐步建立监管长效机制。同时探索建立以信息化为基础的基层医疗服务监管体系，整合监管力量，加强动态监管，提高监管水平。