参加城镇职工基本医疗保险由用人单位和个人按月缴费。其中，用人单位缴纳部分按照单位工资总额的一定比例缴付，个人缴纳部分由用人单位按照农民工个人工资的一定比例代扣代缴。
对与农民工签订劳动合同并与企业建立稳定劳动关系的用人单位，要按照国家规定，明确用人单位缴费责任，将农民工纳入城镇职工基本医疗保险制度；其他农民工可根据实际情况，参加户籍所在地新型农村合作医疗或务工所在地城镇居民基本医疗保险。参加的城镇居民医保和新农合，除个人缴费外，各级财政还有补贴，具体缴费标准由省级人民政府制定。
参加医疗保险后，个人账户一般用于支付下列医疗费用：门诊、急诊的医疗费用；到定点零售药店购药的费用；基本医疗保险统筹基金起付标准以下的医疗费用；基本医疗保险统筹基金起付标准以上，按照比例应当由个人负担的医疗费用。
基本医疗保险统筹基金一般支付下列医疗费用：住院治疗的医疗费用；大病医疗费用。
按照我国《医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009—2011年）》要求，我国将逐步扩大和提高门诊费用报销范围及比例，城镇职工医保、城镇居民医保最高支付限额分别提高到当地职工年平均工资和居民可支配收入的6倍左右，新农合最高支付限额提高到当地农民人均纯收入的6倍以上。