新农村合作医疗简称“新农合”，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。新农合中参合农民个人缴纳、集体扶持、政府资助筹集的，用于对参合农民医药费用进行补偿的专项资金，即新农合基金，新农合基金主要可以分为当年结余基金、门诊补偿基金、大病保险基金、医改支持基金和住院补偿基金五个方面。
原则上，新农合基金只能用于参合农民医药费用的补偿，不得用于经办机构工作经费等。应由政府另行安排资金的公共卫生服务项目不得从新农合基金中支付。医疗事故、计划生育相关手术及后遗症、并发症等不得纳入新农合报销范围。
新农合当年筹集基金与历年结余基金全部纳入统筹基金。新农合统筹基金预算总额按以下五个部分进行分配：
新农合当年筹集基金与历年结余基金全部纳入统筹基金。新农合统筹基金预算总额按以下五个部分进行分配：
1、当年结余基金(含风险基金)。当年统筹基金结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的15%(含风险基金)。统筹基金累计结余一般应不超过当年筹集的统筹基金的25%(含风险基金)。
2、门诊补偿基金。原则上占扣除上缴10%省级风险金后的当年筹集的统筹基金的20%。
3、大病保险基金。原则上按5%左右安排，各地可根据大病情况适当增减。大病保险补偿政策另文规定。
4、医改支持基金。医改后设立的一般诊疗费、 门诊诊察费新农合支付政策另文规定。
5、住院补偿基金(包括按病种付费的住院统筹基金)。即为扣除上述当年结余基金、门诊补偿基金、医改支持基金、大病保险基金等部分后的剩余基金。