虽然国务院明确要求对各项社会保险基金按预算外资金管理办法管理，纳入社会保障基金财政专户，实行收支两条线管理，但从目前看，依然存在着管理体制不顺畅和协调制约机制的缺失、基金保值增值问题突出及相关法制、监管建设的滞后等问题。
首先，我国社会保障基金的筹集和使用长期没有权威性机构进行统一管理，社会保障处于一种政出多门，多头管理的混乱局面。参与社会保障管理的有劳动和社会保障部门、人事部门、卫生部门、民政部门以及商业保险公司等。社会保障各项目都是独立改革，分别建立独立的保险基金，投保人的账户由不同部门管理，个人缴纳的基金也被分割，各个项目之间无法调剂使用，各种社会保障基金无法形成合力。
尤其是社保基金管理机构没有明确与政府分离，基金管理机构通常依附于上级主管部门，从而形成委托代理结构。在下级服从上级的组织规则中，缺乏有效的制衡监督机制。
同时，地方监管尚须完善。中国政法大学的胡继晔等专家认为，按照有关规定，基本的养老、医疗保险基金除预留相当于两个月的支付费用外，只能存入银行或购买国债。作为补充养老保险的企业年金由于缺乏明确的法律、法规进行约束，并且由于基金管理缺乏相对的独立性，地方行政干预色彩较浓，地方政府擅自挪用企业年金的问题十分突出，因此应进一步加强社保基金的监管。
二是社保基金面临运营增值难题。劳动保障研究所所长何平说，中国社会保障基金买国债的回报率不到2%，回报率很低。由于经济发展中的通货膨胀因素，社保基金存在不断贬值的风险，因此，在保证社保基金安全性情况下，通过有效投资来保值增值的政策还需完善。
三是缺乏足够的法律减少基金管理风险。目前我国的社会保障基金管理缺乏相应的具体法规，社保基金的收缴、管理、营运和支付等各环节的监管往往无章可循，监管不力，社会保障基金被挤占、挪用的现象屡屡发生。基金管理的法制建设和监管机构建设的滞后已是不争的事实。
从我国现有社会保障机构建制看,目前,对社会保障基金的监管只是由劳动保障部、财政部、审计部门临时组成小组进行局部专项抽查,而且对查出的问题处罚力度不够大降低了对社会保障基金的监管效率。